Química Computacional: Sistemas Operativos Linux

Siguiendo el aire de la última semana, seguiré describiendo algunas de las aplicaciones más relevantes para el área de la química que pueden instalarse en computadoras con el software de GNU/Linux.  En el área de química, una de las principales herramientas de un investigador, independientemente de cuanta experiencia tenga o que tan bien conozca la materia en general, es la tabla periódica de los elementos químicos.  Bajo este sentido es muy normal encontrar muchas aplicaciones móviles que nos permiten tener a la mano la tabla periódica, literalmente, pero, en caso de aplicaciones diseñadas para su utilización en la computadora como softwares, existen muy pocas. No obstante, dentro de esas pocas, la mejor es sin duda Kalzium, nombrada así por el elemento de la tabla periódica llamado Calcio.  En esta aplicación, además de ofrecer una vista completa de una tabla tradicional con respecto al acomodo y la actualización de los elementos químicos, se pueden encontrar muchas

Seguro al entrar a esta publicación, lo primero que les pasó por la cabeza fue el número del Avogadro para calcular el número de moléculas, átomos y demás contenidos en un mol de sustancia. Sin embargo, en esta entrada en realidad lo que se pretende es regresar al tema de la química para sistemas operativos de Linux/GNU, y con dicha intención, se comenzará a tratar con un poco más de especificidad los software que pueden ser de utilidad para nosotros los químicos y que pertenecen a la licencia de GNU/GPL, tal como es el caso de Avogadro.  Este es un software realizado, como ya se mencionó con anterioridad, bajo la licencia de GNU/GLP, por lo que funciona a la perfección en sistemas operativos de la GNU/Linux. Es un programa capaz de realizar diseño molecular o editar las ya existentes, así que para el campo de la química puede resultar muy útil, pues permite la observación de las estructuras en un plano bidimensional.  Además, tiene la ventaja de que ha sido traducido a va

Durante las entradas anteriores se ha ido hablando acerca de algunos aspectos de la modelación computacional e incluso algunos de los programas que pueden servir para realizarla, sin embargo se ha hablado poco de las ventajas de dicho procedimiento. La simulación en cualquiera de las materias, puede resultar beneficiosa por varios motivos, además de ser útil por su fiabilidad. Las ventajas, a grandes rasgos, pueden ser:  1. La simulación permite analizar procesos que probablemente no se han comprobado todavía a partir de otros relacionados de los cuales se hayan obtenido datos fiables. Esto permite incluir algunos procesos que son difíciles de analizar para ver su resultado sin tener que hacerlo en vivo, puesto que la mayor parte de los procesos entran en las categorías obtenidas de datos preexistentes.  2. Además del punto anterior, el proceso de la simulación puede ayudar al investigador a predecir el comportamiento del sistema en condiciones diferentes para analizar así su

A pesar de que se ha ido hablando únicamente acerca de programas de modelaje y simulación que tienen que instalarse forzosamente en el computador para su utilización, existen también varios modeladores que pueden encontrarse en la red para ser utilizados sin le necesidad de instalar en el equipo el programa. Es de ellos de los que estaremos hablando esta semana.  A muchos de nosotros nos provoca pánico el instalar y desinstalar programas a diestra y siniestra en nuestro computador por muchos motivos: Ya sea el estigma de que creemos que todo cuanto descargamos contiene virus o por el poco espacio de almacenamiento que nos queda. El punto de partida, sin embargo, se encuentra en que no todos tenemos la confianza de instalar nuevas aplicaciones en el PC sin sentirnos inseguros, a pesar de que esto podría, bien, ser una falsa intuición.  Sin embargo, comprendiendo esto, existen varias páginas en la web que le permiten al usuario encontrar la aplicación ideal para realizar alguna

Para los químicos, existen herramientas muy útiles para analizar algunos procesos antes, incluso, de que estos ocurran. Para ello se utilizan programas y aplicaciones para simular un proceso sin que este tenga que llevarse a cabo forzosamente de manera experimental. Esta clase de programas informáticos son conocidos como Simuladores o Modeladores, que a pesar de que están diseñados a partir de algoritmos obtenidos experimentalmente, pueden ayudar a evitar cierta parte del método científico, pues puede permitirnos crearnos hipótesis más veraces y acercadas a la realidad.  Llegados a este punto, es necesario, entonces, definir varios conceptos que se manejan comúnmente en el ámbito de la química computacional, empezando, sin más rodeos, por ese mismo: La química computacional  es una rama de estudio que se especializa principalmente a estudiar los procesos químicos mediante el uso de modelos computacionales que funcionan por medio de cálculos matemáticos, de modo que se pueda an

Como se ha ido hablando durante las entradas pasadas, Ubuntu es un sistema operativo distribuido por GNU/Linux, que como principal ventaja es que le permite al usuario la utilización de los códigos del sistema para adaptarlo a sus propias necesidades y hacerlo más útil para cada persona. A partir de esto, muchos programadores en diferentes partes del mundo han intentando desarrollar diferentes distribuciones con especializaciones en varias profesiones que requieren el uso constante de la computación en programas específicos.  A partir de esta iniciativa han surgido una gran variedad de diferentes programas para carreras en específico y afortunadamente para nosotros, que no conocemos tanto el lenguaje de una computadora, ha habido programadores trabajando en sinergia constante con químicos y científicos para diseñar juntos los diferentes programas de computadora que pueden resultar útiles para su utilización en las diferentes áreas de nuestra profesión, desde simuladores hasta hoja